De beroemde basiliek van Nicolaas van Myra werd gebouwd in de 6e eeuw. Hier is echter niet veel meer van over. Het grootste deel van de huidige basiliek werd gebouwd in de 8e eeuw.

Keizer Constantijn IX (rond 1000 - 11 januari 1055) en keizerin Zoe lieten een ringmuur om de basiliek heen bouwen. In de tweede helft van de 11e eeuw werd er een klooster bijgebouwd. Aan monniken werd de opdracht gegeven om de tombe van Nicolaas te bewaken voor pelgrims.

Na het verdwijnen van de beenderen van Nicolaas in 1087 verloor de basiliek haar betekenis als pelgrimsoord en werd grotendeels verwoest door de Seltsjoeken. Door de eeuwen heen raakte de kerk in verval en bedolven onder de modder van de Myrosrivier. In 1863 kocht de Russische tsaar Alexander II de kerk en begon met de opgraving en restauratie ervan. De restauratie werd echter nooit voltooid. In 1963 werden de oostelijke en zuidelijke onderdelen van de kerk opgegraven. Hierbinnen bevinden zich nog enkele mozaïeken (onder andere de vloer is gemaakt van opus sectile; een mozaïek van gekleurd marmer), fresco's en sarcofagen uit de vroeg-christelijke periode.

In 1968 werd de sarcofaag van Nicolaas (die eigenlijk een hergebruikte marmeren Griekse sarcofaag is) weer van een dak voorzien. Er zijn nog steeds enkele beenderen van Nicolaas aanwezig en voor de basiliek is een monument voor hem geplaatst.